Комплексное геномное профилирование в онкологии

Развитие системы здравоохранения и накопление опыта в различных областях биомедицинских наук меняют наше понимание о персонализированном подходе к лечению. То, что еще вчера представлялось нам научной фантастикой, сегодня стало реальностью. Углубление в понимании биологии болезней, рост доступности данных реальной клинической практики (RWD – real world data), введение системы электронных медицинских карт — все это способствует прогрессу в персонализированной медицине.Ключевым движущим элементом такой трансформации в онкологии является комплексное геномное профилирование (КГП или CGP – comprehensive genomic profiling).1

Комплексное геномное профилирование

В отличие от традиционных диагностических подходов, таких как флуоресцентная гибридизация in situ (FISH – fluorescent in situ hybridization), иммуногистохимия (IHC – immunohistochemistry) и полимеразная цепная реакция (PCR – polymerase chain reaction), которые определяют только предварительно заданные нарушения генома, связанные с конкретным типом опухоли, тесты FoundationOne® дают возможность в рамках одного биоматериала осуществить комплексное геномное профилирование опухоли, т.е. обнаружить все возможные генетические изменения в большом количестве онкозначимых генов, используя передовой метод секвенирования нового поколения (NGS – next generation sequencing).

Foundation Medicine превращает генетическую информацию в знания, имеющие практическую ценность. КГП методом NGS выявляет в образце все 4 типа основных клинически значимых мутаций (молекулярных изменений): замены азотистых оснований, инделы (вставки/делеции), изменения копийности генов и перестановки. Каждая из них может нарушать нормальную работу клеток, индивидуальная роль зависит от конкретной мутации и типа онкологического заболевания.

В процессе структурирования и анализа данных NGS формируется отчет, в котором помимо данных о клинически значимых изменениях врачу предоставляется подробная информация о возможности проведения таргетной терапии, доступных клинических испытаниях и количественных маркерах ответа на иммунотерапию: микросателлитной нестабильности (MSI – microsatellite instability) и мутационной нагрузке (TMB – tumor mutation burden). 

Тесты FoundationOne® позволяют диагностировать опухоли вне зависимости от их локализации. В качестве анализируемого биоматериала могут быть использованы как парафиновые блоки с тканью опухоли, так и кровь пациентов (жидкостная биопсия).

Роль КГП в онкологии

Сегодняшнее понимание генетической природы онкологического заболевания кардинально меняет его диагностику, открывая путь к лечению, адаптированному под пациента. Онкология больше не рассматривается как одно заболевание – это совокупность большого числа заболеваний, каждое из которых имеет свои уникальные характеристики и собственный генетический состав (геномный профиль) для конкретного больного. Так, внутри одного из самых распространенных типов онкологического заболевания – рака легкого – уже сегодня можно выделить как минимум 12 различных подтипов на основе мутаций (молекулярных изменений), вызывающих рост опухоли.

Появление молекулярной информации, ставшее возможным благодаря достижениям в области секвенирования ДНК и способности быстро собирать и обрабатывать большие объемы данных посредством биоинформатики, сыграло решающую роль в развитии онкологических исследований, результаты которых все более активно внедряются в клиническую практику.

КГП позволяет перевести полученную в результате тестирования генетическую информацию в практические знания для клинициста. По результатам тестов формируется отчет, в котором помимо данных о клинически значимых изменениях врачу предоставляется подробная информация о возможности проведения таргетной терапии опухоли, доступных клинических испытаниях и количественных маркерах ответа на иммунотерапию.2

На данный момент глобально проведено порядка одного миллиона тестов, опубликовано более 500 рецензируемых научных работ, ведется сотрудничество с более чем 50 фармацевтическими компаниями во всем мире.3В России на сегодняшний день тестирование прошли более 1500 пациентов из разных регионов.